“Y ahora os anuncio un gran gozo y un nuevo milagro. El mundo no ha conocido un signo tal, a no ser en el Hijo de Dios, que es Cristo el Señor. No mucho antes de su muerte, el hermano y padre nuestro [Francisco] apareció crucificado, llevando en su cuerpo cinco llagas que son, ciertamente, los estigmas de Cristo. Sus manos y sus pies estaban como atravesadas por clavos de una a otra parte, cubriendo las heridas y del color negro de los clavos. Su costado aparecía traspasado por una lanza y a menudo sangraba.(…) Por tanto, hermanos, bendecid al Dios del cielo y proclamadlo ante todos, porque ha sido misericordioso con nosotros, y recordad a nuestro padre y hermano Francisco, para alabanza y gloria suya, porque lo ha engrandecido entre los hombres y lo ha glorificado delante de los ángeles”. Carta de Fray Elías, anunciando la muerte de San Francisco de Asís, 3 de octubre de 1226.
Este es un fragmento de uno de los documentos más antiguos que se conservan en la Orden Franciscana y cuya autenticidad está fuera de duda. Fray Elías, Vicario del Santo, comunicaba por medio de esta carta, a todos los hermanos esparcidos por el mundo, el feliz tránsito de Francisco y al mismo tiempo, el descubrimiento al momento de amortajar su cuerpo, de un prodigio que hasta ese momento pocos conocían, y apenas unos cuantos frailes habían visto: los estigmas en el cuerpo de San Francisco; y como lo leemos en el fragmento, incluso los describe, con la seguridad de quien escribe lo que vio.
La estigmatización ocurre durante la “Cuaresma de San Miguel” del año de 1224, alrededor de la Fiesta de la Exaltación de la Santa Cruz, 14 de septiembre.

Venid, que en el monte Alvernia,
como a Moisés en la zarza
que ardía sin consumirse,
Dios por Francisco nos habla.
Himno de Laudes, propio de la Fiesta.
Dos años después de la muerte de San Francisco, el Beato Tomás de Celano escribió por orden del Papa Gregorio IX ,el antiguo cardenal Hugolino, amigo personal de Francisco, la biografía oficial del santo, basándose en el testimonio reciente de muchos que lo conocieron y convivieron con él y lo que él mismo había conocido del Seráfico Padre. Y nos da una descripción de los estigmas:
“Las manos y los pies se veían atravesados en su mismo centro por clavos, cuyas cabezas sobresalían en la palma de las manos y en el empeine de los pies y cuyas puntas aparecían a la parte opuesta. Estas señales eran redondas en la palma de la mano y alargadas en el torso; se veía una carnosidad, como si fuera la punta de los clavos retorcida y remachada, que sobresalía del resto de la carne. De igual modo estaban grabadas estas señales de los clavos en los pies, de forma que destacaban del resto de la carne. Y en el costado derecho, que parecía atravesado por una lanza, tenía una cicatriz que muchas veces manaba, de suerte que túnica y calzones quedaban enrojecidos con aquella sangre bendita”.